Antes de finalizar el año 2020, Reino Unido dio la voz de alarma al identificar una “variante de propagación rápida de SARS-CoV-2” con una mayor capacidad de transmisión y que circulaba en el país desde el mes de septiembre. Hasta entonces, la comunidad científica había observado más de 4.000 mutaciones de SARS-CoV-2, de las cuales solo algunas parecían tener alguna importancia.
Actualmente, hay cuatro variantes bajo vigilancia exhaustiva a nivel internacional. Se trata de las variantes del SARS-CoV-2 Alfa, Beta Gamma y delta , detectadas originariamente en Reino Unido, Sudáfrica, Brasil e India.
Variante Alfa ( B.1.1.7)
- El 14 de diciembre de 2020, Reino Unido declaró un aumento de la incidencia de SARS-CoV-2 en algunas regiones del país (este y sureste de Inglaterra y área metropolitana de Londres) asociada a una nueva variante del virus, que se ha denominado VOC B.1.1.7 (VUI-202012/01). Esta variante incluye la mutación N501Y en el dominio de unión al receptor, relacionada con mayor transmisibilidad. En la segunda semana de 2021, el porcentaje acumulado de detección de la variante sobre el total de secuencias en Inglaterra se estimó en más del 76%.
- Transmisibilidad: los primeros informes técnicos procedentes de Inglaterra apoyaban la hipótesis de un aumento en la transmisibilidad de esta variante con estimaciones de entre un 30% y un 70% superior a las variantes que circulaban previamente. Estos datos concuerdan también con la mayor tasa de ataque secundaria encontrada por el Servicio de Salud Pública de Inglaterra (NHS): un 12,9% para la nueva variante, confirmada o probable frente a un 9,7% para otras variantes.
- Letalidad: sobre la virulencia de la nueva variante, el primer informe publicado por el Grupo Asesor de Amenazas de Virus Respiratorios Nuevos y Emergentes (Nervtag) de Reino Unido, indicaba que no parecía aumentar el riesgo de enfermedad grave o la tasa de mortalidad. Sin embargo, una nueva actualización asegura que existe evidencia de que la infección por VOC B1.1.7 está asociada con una mayor tasa de letalidad en comparación con la infección por virus que no es VOC. Este comunicado recoge las estimaciones del riesgo relativo de letalidad de esta variante frente a otras en diversos estudios no publicados. El rango de los riesgos relativos estimados en los diferentes estudios es de entre 1,29 y 1,91 con intervalos de confianza al 95% que abarcan un rango entre 1,07 y 2,71.
- Situación mundial: de acuerdo con las secuencias depositadas en la base de datos GISAID, en estos momentos el linaje B.1.1.7 (variante Alfa) es el dominante a nivel mundial. Según informa el Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias (CCAES), su frecuencia está por encima del 80% en Europa y América del Norte y ha ido aumentando también en otras localizaciones. En España, La frecuencia de esta variante ha ido aumentando en los primeros meses de 2021 hasta alcanzar niveles entre el 80 y el 100% en todas las CCAA.
- Resistencia a la vacuna: en un estudio in vitro se analizó el efecto que producían los linajes Alfa y Beta (B.1.1.7 y B.1.351) en la capacidad de neutralización de distintos sueros monoclonales, sueros de pacientes convalecientes y sueros de pacientes vacunados con la vacuna mRNA-1273. Los resultados mostraron una disminución de la capacidad de neutralización de algunos de los anticuerpos monoclonales pero no de los sueros de pacientes convalecientes ni vacunados, según informa el CCAES.
Variante Beta (B.1.351)
- El 18 de diciembre de 2020, Sudáfrica anunció la detección de una nueva variante perteneciente el linaje B.1.351 y denominada 501Y.V2, debido también a la mutación N501Y. Esta mutación también está presente en la variante B.1.1.7.
- Transmisibilidad y letalidad: aunque los datos genómicos demuestran que esta variante ha desplazado rápidamente a los demás linajes que circulan en ese país y los estudios preliminares apuntan a que está asociada con una mayor carga vírica, se continúan estudiando estos y otros factores que puedan afectar a esa capacidad. Por el momento, no hay evidencias de mayor virulencia.
- Situación mundial: Esta variante desplazó a las variantes que circulaban previamente en Sudáfrica y se ha extendido a nivel mundial. La variante es mayoritaria en los países próximos a Sudáfrica y, de manera global, es la más frecuente en el continente africano. Su presencia en otras regiones es menor, con frecuencias que no superan en general el 20%. En España se han detectado tanto casos esporádicos como brotes en diversas comunidades.
- Resistencia a la vacuna: según informa el CCAES, algunos estudios muestran una disminución de la capacidad de neutralización de sueros de pacientes convalecientes por lo que preocupa que pueda producir un mayor número de reinfecciones o reducir parcialmente la eficacia de las vacunas. Los ensayos clínicos con otras vacunas han encontrado resultados desiguales. Desde una efectividad muy baja para infección leve de la vacuna AZD1222 (10,4%; IC 95% −76,8 a 54,8) a eficacias reducidas en menor grado para la vacuna NVX-CoV2373 [60% (IC 95%: 19,9 a 80,1)] o la vacuna Ad26.COV2.s (64% frente a enfermedad leve a moderada y 81,7% frente a enfermedad grave a crítica a los 28 días tras la inoculación).
Variante Gamma (P1)
- Japón y Corea del Sur identificaron a principios de enero de 2021 una nueva variante en cinco personas procedentes de la Amazonía brasileña. Esta nueva variante presenta 12 mutaciones en la proteína de la espícula, entre ellas la mutación N501Y (como la variante británica y la sudafricana).
- Transmisibilidad y letalidad: la mutación N501Y hace suponer, que al igual que las dos anteriores, puede ser más contagiosa. Sin embargo, no hay suficientes datos por el momento y nada hacer suponer que sea más virulenta.
- Situación Mundial: la variante Gamma (P.1) se convirtió pronto en la variante dominante en Brasil y ha ido ganando en frecuencia en toda América del Sur hasta llegar a ser la variante más prevalente. Además, su presencia ha sido confirmada en numerosos países en América del Norte, Europa, Asia y Oceanía, aunque en una frecuencia mucho menor (por debajo del 10%). En España se han detectado tanto casos como brotes en diversas comunidades lo que ha producido picos ocasionales de aumento de la frecuencia en algunas de ellas.
- Resistencia a la vacuna: los primeros resultados de los ensayos en fase dos con una dosis de refuerzo de la vacuna mRNA1273 diseñada específicamente contra esta variante consiguieron niveles altos de anticuerpos neutralizantes tanto frente a Beta (B.1.351) como frente a Gamma (P.1)
Variante Delta (B.1.617.2)
- La variante india B.1.617 hizo saltar todas las alarmas al presentar indicios de ser más contagiosa y resistente a algunas vacunas y tratamientos.
- Transmisibilidad y letalidad: este sublinaje de B.1.617, conocido también como o VOC-21APR-02, posee una serie de mutaciones en el gen S entre las que destaca L452R, relacionada tanto con aumento de la transmisibilidad como con cierto nivel de escape inmune. En un reciente análisis de la situación llevado a cabo por Public Health England (PHE), la nueva variante era la dominante en este país representando más de la mitad de los casos secuenciados, en un escenario de transmisión muy baja como se observa actualmente el Reino Unido.
- Situación mundial: desde que se identificó por primera vez en el país hindú, se ha extendido a, al menos, 26 países de los 53 que conforman la región europea de la OMS. Ha sido la variante dominante en la última oleada epidemiológica en la India desde donde se introdujo en Reino Unido. No obstante, tras semanas de colapso en los sistemas sanitarios de la India, los casos están disminuyendo y la mortalidad ya ha alcanzado su punto máximo. Por otro lado, el porcentaje de esta variante en el continente europeo o en Estados Unidos no ha crecido al mismo ritmo y se mantiene por debajo del 5%.
Test genéticos del SARS-CoV-2
Ante el incremento de nuevas variantes que puedan poner en peligro la eficacia de las recientes vacunas contra el SARS-COV-2, varios países están inmersos en la secuenciación del genoma del coronavirus en busca de mutaciones de riesgo.
Reino Unido: un ejemplo a seguir
A principios de años, el Gobierno y la comunidad científica del Reino Unido crearon un consorcio dotado con 20 millones de libras (22 millones de euros/ 24 millones de dólares) que se dedicará a trazar cómo se propaga y comporta la COVID-19 mediante la secuenciación de su genoma.
En concreto, el Consorcio Británico del Genoma de COVID-19 analiza el genoma completo del coronavirus en población que ha sido contagiada. De esta manera, los científicos pueden observar los cambios que se han producido en el virus a escala nacional, entender cómo se propaga y si han surgido nuevas cepas.
Este conglomerado está formado por el Servicio Nacional de Salud (NHS, en inglés), las agencias nacionales de Sanidad Pública, el Instituto Wellcome Sanger y otras instituciones académicas. En total, una alianza de 17 entidades en la que colaboran cerca de 600 investigadores.
Cabe destacar que Reino Unido analiza el 10% de las pruebas positivas de COVID-19 a nivel internacional para detectar nuevas variantes. Así, por ello, el equipo del Consorcio es responsable de casi la mitad de la secuenciación mundial del virus.
Afinando las cifras, Sharon Peacock, responsable del programa, confirmó a los medios de prensa británicos que analizaban 20.000 muestras del virus SARS-CoV-2 a la semana en busca de mutaciones de riesgo y variantes peligrosas, especialmente en países sin capacidad para rastrearlas.
Por poner un ejemplo, el aumento de la presencia de la variante Delta en Reino Unido, especialmente en Londres y en el último mes, llevó a las autoridades británicas a incrementar la realización de test adicionales y programas de secuenciación genómica en centros educativos y áreas específicas de los barrios de Harrow, Ealing, Hillingdon y Brent.
Esas pruebas masivas ya se efectúan en otras partes del país con gran incidencia de esa mutación, como Blackburn, Bolton, Bedford, Leicester y Kirklees. Además de frenar la expansión del patógeno, el objetivo es determinar cuáles han sido las rutas de transmisión de la nueva variante procedente de la India.
Así, ya es habitual en el país los esquemas ‘de puerta a puerta’. Los técnicos destinados visitan los domicilios entregando ‘kit test COVID-19’ en aquellos barrios donde se han detectado nuevas variaciones del virus.
Estados Unidos: buena voluntad sin alcanzar el objetivo
Una de líneas de trabajo de la administración del presidente de Estados Unidos, Joe Biden, para frenar la pandemia ha sido invertir $200 millones en secuenciar muestras positivas de SARS-CoV-2. Con la reciente aprobación del Plan de Rescate Estadounidense de $1,9 billones, se han asignado $750 millones a los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) para apoyar la secuenciación genómica y la vigilancia de enfermedades.
En mayo de 2020, los CDC pusieron en marcha en marcha el consorcio de secuenciación del SARS-CoV-2 para la respuesta a emergencias de salud pública, epidemiología y vigilancia (SPHERES), para ampliar el uso de la secuenciación del genoma completo (WGS) del virus COVID-19. El objetivo inicial de esta red nacional de laboratorios de secuenciación era acelerar la publicación de los datos de la secuencia del SARS-CoV-2 en el dominio público.
Volviendo a este 2021, a finales de enero, tal y como destaca el periódico The Washington Post, los CDC comenzaron a ingresar dinero en los laboratorios de salud pública de todo el país para reforzar el trabajo de secuenciación que ya se estaba realizando en los laboratorios académicos. Sin embargo, este esfuerzo partía “de una base baja”. Un cálculo del medio estadounidense señaló que Estados Unidos se situaban en el puesto 38 a nivel mundial en términos de emplear secuenciación durante la pandemia (a mediados de febrero). Por tanto, Estados Unidos todavía estaba tratando de alcanzar a muchos países europeos y asiáticos.
Según este mismo periódico, “es imposible averiguar cuántos casos de virus se secuencian diariamente”. El 5 de enero de 2021, fuentes de los CDC comunicaron a The Washington Post que Estados Unidos secuenciaba aproximadamente 3.000 genomas de coronavirus a la semana. Sin embargo, los funcionarios de los CDC han comunicado públicamente que el país ahora tiene un promedio de aproximadamente 7.000 por semana.
Por su parte, los CDC han contratado universidades para ampliar su secuencia a “miles por semana” y a cuatro empresas privadas (Quest, Labcorp, Illumina y Helix) para realizar más secuencias. A mediados de febrero, esos contratos deberían haber alcanzado su capacidad máxima, analizando 6.000 muestras por semana.
Sin embargo, estas cifras siguen siendo bajas para un país de 328,46 millones de habitantes. La compañía llumina estima que el país necesita secuenciar el 5 por ciento de sus casos de coronavirus para detectar una nueva variante cuando la variante representa una horquilla del 0,1 al 1,0 por ciento de los casos del país.
En total, el país ha secuenciado 84.177 muestras de 25,7 millones hasta enero, según el análisis del Post. En comparación, Reino Unido, en noveno lugar, ha secuenciado 214.000 genomas, casi el 6 por ciento, de los 3,7 millones de casos del país.
Otros países tienen proporciones más altas de casos secuenciados en comparación con los Estados Unidos porque tienen muchos menos casos: el país con la tasa más alta de secuenciación por caso, Islandia, ha analizado cerca de 4.000 genomas de 6.000 personas que dieron positivo.
